Progressive Metal zeichnet sich meist durch einen komplizierten Aufbau der Songs aus. Dies äußert sich in kunstvoller Verknüpfung mehrerer Themen, Breaklastigkeit, häufigen Tempowechseln, komplexer Perkussion und Rhythmik, unter anderem auch durch Überlagerung verschiedener Rhythmen (Polyrhythmik) und Taktarten (Polymetrik), instrumententechnischer Finesse (Virtuosität der Musiker) und nicht selten auch Überlänge (z. B. A Change of Seasons, Six Degrees of Inner Turbulence und Octavarium von Dream Theater oder The Divine Wings of Tragedy und The Odyssey von Symphony X, alle über 20 Minuten). Gerne wird auch versucht, den hohen musikalischen Anspruch durch entsprechende Lyrics in Form von epischen Songtexten und Konzeptalben zu unterstreichen. Beispiele hierfür sind Metropolis Pt. 2: Scenes from a Memory von Dream Theater, Operation: Mindcrime von Queensrÿche oder Be von Pain of Salvation.
Des Weiteren wird das Instrumentenspektrum gegenüber dem klassischen Metal häufig erweitert. Während Synthesizer nahezu fester Bestandteil der meisten Progressive Metal-Formationen sind, werden nicht selten auch Streich- und Blasinstrumente sowie diverse ethnische Instrumente verwendet, die in die Kompositionen und das Ensemble integriert sind und nicht lediglich als Gimmick dienen. .
