Indicios de este genero hacen referencia a Rage Against The Machine y Faith No More como los creadores de este genero en el trascurso de la primera mitad de la década de los 90's, ya que fueron los primeros en fusionar un poco de rock alternativo junto con heavy metal, a la vez, hay fusiones de este que en vez de heavy metal, lo hacen hasta con metal extremo como es el caso de Slipknot, así es como el genero a ido variando poco a poco, su popularidad sigue en pie gracias a grupos como System of a Down y Slipknot.
Debido al gran número de subgéneros existentes a partir del metal y el rock, es difícil encasillar a un grupo determinado en cuestión como metal alternativo. Si bien la clasificación es apta para grupos que no encajan en ningún subgénero particular, como System of a Down, las discusiones acerca de la clasificación son constantes.
También suele ocurrir que cuando un grupo es denominado de género metal alternativo, posteriormente se encasilla en un subgénero nuevo o ya existente. Un ejemplo podría ser Rage Against the Machine, que empezó siendo considerado metal alternativo en sus inicios para ser encasillado a día de hoy como metal de fusión o más exactamente funk metal. A su vez, hay grupos que al ser encasillados en una diversidad enorme de subgéneros sin llegar a ninguna conclusión clara suelen ser considerados metal alternativo, como ocurre con Slipknot.
Un gran detonante de la creación del subgénero es el cambio de aires de muchas bandas Grunge a finales de los años 90, tornándose más oscuras y usando riffs más pesados, además de baterías de un sonido aún más duro. El movimiento grunge de comienzos de los noventa fue el detonador que llevó a este subgénero a un público mayor, haciendo que los grupos que lo practicaran buscasen sus propios caminos: Jane's Addiction y Tool tomaron un sonido más cercano al rock progresivo; Corrosion of Conformity y el grupo de grunge Soundgarden tenían una influencia del blues rock de los años 1970, mientras que Alice in Chains tomaba un poco de la oscuridad y densidad de Black Sabbath. Faith No More, Primus, Rage Against The Machine e Incubus incorporaron elementos del funk a su forma de ver el metal alternativo, mientras que White Zombie, Nine Inch Nails y Fear Factory comenzaron el ahora denominado metal industrial combinando la Música Industrial con las guitarras del heavy metal. Sepultura mezcló los ritmos de los indígenas brasileños en su música, haciéndola algo único, en su álbum Roots. Es importante destacar los grupos System of a Down, Godsmack, Korn, Linkin Park o Papa Roach por estar a la vanguardia de este subgénero.
Algunos temas y álbumes de grupos de doom metal (como Katatonia) o metal progresivo pueden ser considerados también metal alternativo, no existiendo opiniones objetivas a la hora de clasificar. Es común que el alternative metal se asocie con el Nu Metal, siendo su mayor época de popularidad entre finales de los 90's y los primeros años d elos 00's.
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